Nová muzejní expozice otevřená roku 2005 a 2008 čítá 18 sálů ve dvou podlažích. Návštěvníci se dozvědí o zajímavé historii Jáchymova i životě lidí v Krušnohoří. Je zde zastoupena:
- geologie a mineralogie Krušných hor
- archeologické nálezy z Královské mincovny
- rudné hornictví v 16. století
- numismatika a mincovnictví

Atrakcí muzea je velkoplošný pohyblivý model krušnohorských důlních prací v 16. století. Návštěvník může též nahlédnout do expozice mapující pracovní tábory na Jáchymovsku po roce 1948.

Muzeum se věnuje památce významného přírodovědce Georgia Agricoly (1494–1555), jehož život a dílo jsou úzce spjaty s Jáchymovem. Jeho stěžejní dílo Dvanáct knih o hornictví a hutnictví patří k pilířům evropské montanistické literatury. Unikátem evropského významu je knihovna jáchymovské latinské školy, jejíž fondy pocházejí z 15.–17. století. K vidění jsou renesanční a barokní epitafní obrazy ze Špitálního kostela v Jáchymově. Srdce návštěvníka jistě potěší národopis Krušnohoří, jako jsou jedinečné zemědělsko-řemeslnické stroje a nářadí, krušnohorská jizba a lidové kroje.

Radonové lázeňství je připomenuto v inscenované dobové lékařské ordinaci. Součást prohlídkové trasy tvoří impozantní nádvoří a historické sklepení mincovny. Technickou památkou středoevropského významu je dochovaný dýmník, mohutný komín odvádějící kouř a zplodiny z prubířských a ražebních prostor mincovny, jenž byl několik staletí zazděný. K jeho náhodnému objevu došlo až v průběhu rekonstrukce budovy roku 1985.